Dzieje budynku dawnego Obserwatorium Astronomicznego, od 1963 roku Collegium Śniadeckiego, od samego początku były związane z otaczającym go ogrodem. Pierwsze plany założenia ogrodu służącego celom badawczym snuł już w 1602 roku Jan Zemełka, lekarz, absolwent szkół w Krakowie i Padwie. Być może właśnie padewski ogród założony w 1545 roku, będący dziś najstarszym na świecie ogrodem botanicznym, miał wpływ na wizje Zemełki, te jednak nie zostały zrealizowane.

DAWNE OBSERWATORIUM ASTRONOMICZNE W COLLEGIUM ŚNIADECKIEGO I OGRÓD BOTANICZNY W KRAKOWIE, fot. J. Nowostawska-Gyalókay (MIK, 2014) CC BY SA 3.0

Do utworzenia ogrodu przystąpiono w 1783 roku, kiedy Hugon Kołłątaj, działając na polecenie Komisji Edukacji Narodowej, rozpoczął reformę mocno podupadłej uczelni. Powstała wówczas Katedra Chemii i Historii Naturalnej z Ogrodem Botanicznym jako zakładem pomocniczym. Zlokalizowano go w dzielnicy Wesoła, na ziemiach odkupionych od jezuitów. Ogród zajął wówczas niewielki obszar 2,4 hektara. Z Wiednia sprowadzono ogrodnika, Franciszka Kajzera, który nadał miejscu charakter barokowego ogrodu francuskiego. Jednocześnie w stojącej już wcześniej na tym terenie podmiejskiej willi w 1787 roku matematyk i astronom, Jan Śniadecki, rozpoczął urządzanie obserwatorium.

Twórcą projektu architektonicznego przebudowy został Feliks Radwański, także matematyk, bliski przyjaciel Śniadeckiego. W oddanym do użytku w 1792 roku budynku na parterze ulokowali się botanicy, na górze zaś astronomowie, którzy wówczas zajmowali się nie tylko obserwacjami nieba, ale także badaniem klimatu czy różnorodnymi doświadczeniami fizycznymi i chemicznymi. To z ogrodu 1 kwietnia 1784 roku odbył się pierwszy wzlot balonu, co stanowiło niemałą sensację dla mieszkańców Krakowa.

Dzięki obserwacjom pozycji planet, komet i planetoid, zakryć gwiazd przez Księżyc i zmian jasności gwiazd obserwatorium szybko zyskało europejską renomę. W XIX wieku jednakże jego działalność raz po raz zamierała, by ponownie się odradzać.

Dopiero dyrektor Tadeusz Banachiewicz na początku XX wieku ożywił tę działalność. Astronom wynalazł tzw. rachunek krakowianowy, sprowadził nowy sprzęt do obserwacji, w latach 20. zaprojektował chronokinematograf – długoogniskową kamerę filmującą przebieg zaćmień Słońca. Wyposażony w taki sprzęt zorganizował kilka ekspedycji naukowych do Szwecji, USA, Grecji, ZSRR i Japonii w celu obserwacji całkowitych zaćmień Słońca. Był także pomysłodawcą budowy obserwatorium w Beskidzie Makowskim (dziś stacja Lubomir).

Po II wojnie światowej dawna gwiazdarnia ze względu na zbyt bliskie sąsiedztwo rozświetlonego miasta musiała przenieść swoją siedzibę do Fortu Skała.

Ogród Botaniczny to miejsce, w którym uważny obserwator odnajdzie także precyzyjne mechanizmy zegarów. Są nimi rośliny. Niektóre storczyki na przykład kwitną raz na dwadzieścia lat. Inne znów kwiaty swym rozkwitem wyznaczają pory dnia. Z kolei kryjące się w ogrodowych szklarniach prehistoryczne sagowce, których początki sięgają ery paleozoicznej, stąd zwane są żywymi skamieniałościami, przenoszą nas niczym wehikuł czasu do odległej przeszłości.