Znana ze swych uzdrowiskowych walorów, leżąca u stóp Pienin Szczawnica zawdzięcza częściowo swoją sławę węgierskiemu rodowi Szalayów. Kiedy w 1828 roku miasteczko znalazło się w ich rękach, Józef Szalay, wykorzystując miejscowe źródła, urządził tutaj kurort w „szwajcarskim stylu”. W swoim testamencie przekazał Szczawnicę Akademii Umiejętności, która w 1909 roku sprzedała ją hrabiemu Stadnickiemu z Nawojowej. Szczawnica stała się modnym kurortem w latach międzywojennych i po drugiej wojnie światowej, kiedy bywali tu między innymi prof. Juliusz Kleiner, Ada Sari czy Sława Przybylska.

Muzeum Pienińskie im. Józefa Szalaya w Szlachtowej, fot. M. Jałoszyńska (MIK, 2016) CC BY SA NC ND

Przybyły w 1919 roku do szczawnickiego uzdrowiska malarz i etnograf Konstanty Kietlicz-Rayski, podobnie jak wielu bywających tutaj artystów, widział konieczność ratowania ginącej już wówczas kultury górali pienińskich. Jako pierwszy podjął próbę zorganizowania przeznaczonego na ten cel muzeum. Do współpracy włączył się pisarz Jan Wiktor. Jednak pomimo wielu starań do lat pięćdziesiątych XX wieku nie udało się utworzyć muzeum pienińskiego.

Dopiero w 1957 roku, po pierwszym zebraniu Pienińskiego Oddziału Towarzystwa Miłośników Kultury i Sztuki Góralskiej, grupa zainteresowanych tych pomysłem górali szczawnickich zaczęła gromadzić eksponaty do przyszłego muzeum. Dwa lata później dyrekcja Uzdrowiska Szczawnica przekazała na zbiory trzy sale w dziewiętnastowiecznym Dworcu Gościnnym. Uroczystego otwarcia Muzeum dokonano w maju 1959 roku.

Trzy lata później modrzewiowy budynek Dworca spłonął, a uratowane zbiory umieszczono w dziewiętnastowiecznej willi Pałac, znajdującej się w zachodniej pierzei placu J. Dietla. W lipcu 1972 roku nastąpiło ponowne otwarcie Muzeum Pienińskiego. Dziesięć lat później Muzeum nadano imię Józefa Szalaya i włączono je do Muzeum Okręgowego w Nowym Sączu.

W 2014 roku Muzeum zostało przeniesione do dawnego budynku straży granicznej w pobliskiej Szlachtowej. W nowej siedzibie muzeum znajdują się nowocześnie zaaranżowane sale wystawiennicze, w których zgromadzono eksponaty dokumentujące życie regionu i jego mieszkańców – górali pienińskich, Rusinów i Żydów – a także historię szczawnickiego uzdrowiska.

W pierwszej części ekspozycji znalazły się głównie zbiory etnograficzne, które prezentują między innymi kościół w Szczawnicy i cerkiew na Rusi Szlachtowskiej, bóżnice, stroje górali i Rusinów, izbę góralską, sztukę ludową, druciarstwo, pasterstwo, flisactwo i godła szalayowskie – malowane wizytówki domów w Szczawnicy, które niegdyś zastępowały numery. Druga część wystawy to przede wszystkim pamiątki historyczne związane z uzdrowiskiem, Dworcem Gościnnym i atelier fotograficznym Awita Szuberta, sławnymi gośćmi szczawnickiego kurortu, okresem drugiej wojny światowej oraz granicą.